Издание OXM сообщило некоторые подробности о проекте Prototype 2. Играть на этот раз будем за Джеймса Хеллера (James Heller), профессионального военного, потерявшего семью во время эпидемии. Хеллер будет противостоять прошлому протагонисту, Алексу Мерсеру, которого на этот раз определили в злодеи. Если Мерсер представлял собой воплощенную ярость, то Хеллер будет более хладнокровным персонажем. 

События игры будут разворачиваться по-прежнему в Нью-Йорке, охваченном страшной эпидемией. Концепция игры останется прежней: мутанты, взрывы и резня. Однако, бездумного беспредела станет меньше, поскольку разработчики хотят создать атмосферу отчаяния и некоторой беспомощности в связи с происходящими событиями.